出现革兰氏阳性菌染成为紫色，革兰氏阴性菌成为红色，主要与细菌的细胞壁内肽聚糖和脂类物质含量有关。
细菌革兰氏染色试验后，能够出现不同的颜色，通过染色法把细菌分为革兰氏阳性菌和革兰氏阴性菌。革兰氏阳性菌细胞壁厚，由肽聚糖和磷壁酸组成，肽聚糖含量比较高，紧密交联，遇到乙醇时，肽聚糖的网孔失去水分收缩，由于不含有脂类，在细胞壁上不能溶出空隙，出现内细胞壁网状结构孔径减小，通透性降低，经乙醇处理后，细胞壁里面的碘的复合物和结晶紫不溶解，不被脱色，出现紫色或蓝紫色的现象。
革兰氏阴性细菌的细胞壁比较薄，肽聚糖含量也少，含脂肪量高，松散分布，遇到乙醇后，肽聚糖网孔不容易收缩，乙醇能使细胞壁内溶解碘的结合物和结晶紫被洗去，出现细胞脱色，在通过红色的染料时，进行染色会出现红色现象。
